Το 5ο Δ. Σχολείο Κομοτηνής από την ίδρυσή του το 1929 στεγαζόταν στο κτίριο που υπάρχει στον αύλειο χώρο της εκκλησίας του Αγίου Γεωργίου και στεγάζει σήμερα το θρακικό Μουσείο Παιδείας. Στη συνέχεια και μέχρι το 1986 συστεγαζόταν μαζί με το 2ο Δ. Σχολείο Κομοτηνής.
Από το 1986 στεγάζεται στο δικό του κτίριο. Τον Σεπτέμβριο του 2006 με δεδομένες τις αυξημένες ανάγκες φοίτησης ,η χωρητικότητα του σχολείου μεγάλωσε με την προσθήκη τεσσάρων αιθουσών εκ των οποίων η μία εξυπηρετεί τις ανάγκες του ολοήμερου τμήματος.
Από το σχολικό έτος 2010-2011 το σχολείο μας λειτουργεί με ειδικό αναμορφωμένο πρόγραμμα όπου εκτός των βασικών μαθημάτων οι μαθητές διδάσκονται νέες τεχνολογίες , θεατρική Αγωγή, Εικαστικά και Μουσική.
Σήμερα στο σχολείο μας φοιτούν 265 μαθητές και προσφέρουν υπηρεσία μαζί με τις ειδικότητες 27 εκπαιδευτικοί.